南京水西门大街418号，曾是侵华日军屠杀我同胞的遗骨丛葬地。面积约1万平方米。1937年12月13日，侵华日军攻占南京后，开始了长达六个星期的血腥大屠杀，在大街、小巷、难民区、寺庙、教堂，逢人就杀，手段极为狠毒，枪杀、刀砍、活埋、焚烧，甚至搞杀人竞赛，遇难同胞多达30余万人。形成的“万人坑”、“千人巷”、“尸山”、“血塘”，遍及城郊15处之多，仅境内上新河至江东门一线就有2.8万多名同胞遇难。为悼念遇难同胞，南京市政府于1984年动工兴建纪念馆，1985年建成开放，1995年扩建。纪念馆占地面积2.8万平方米，建筑面积5000平方米。2005年12月13日始，再次扩建，总面积达7万多平方米。

2006年定为国家级文物保护单位。该建筑由中科院院士、东南大学建筑研究所所长齐康担任总体设计。整座建筑采用灰白色大理石垒砌而成，气势恢宏，庄严肃穆，被誉为一部用石头构成的史书。 

纪念馆大门左侧，镌刻着用中、英两种文字书写的馆名,其中中文为邓小平手书——“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”。大门中间的立柱上，镶嵌着江泽民亲笔题写的“全国青少年教育基地”铜牌。大门西侧矗立着一座标志碑，其形状像个巨大的十字架。碑高12.13米，寓意南京城是12月13日沦陷的，碑的上端刻着：“1937.12.1～1938.1”，那是南京大屠杀惨案发生的时间。碑的下方是一个方形的坑，坑内铺满了象征遇难者白骨的鹅卵石，寓意该馆建立在江东门“万人坑”遗址上。

馆内通过广场陈列、遗骨陈列、史料陈列，再现了1937年12月13日～1938年1月，侵华日军在6个星期内杀害南京30万无辜平民和放下武器军人的灭绝人寰的罪行，向人们展示了南京大屠杀惨痛的历史。

同时，馆内还有“约翰·拉贝日记资料展”和“东史郎日记资料展”。这两个展览用大量珍贵的史料、照片，分别以德国人约翰·拉贝当年在南京所记录的日军暴行和曾参加南京大屠杀的日军士兵东史郎所记的日军暴行史实，真实具体地向人们展示日军南京大屠杀的历史真相。并将新增“日本侵华70罪行展”，“胜利南京1945陈列展”等，进一步用铁的事实揭露日军的侵华罪行。

侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆自1985年建成后，党和国家领导人胡锦涛、李鹏、乔石、李瑞环等相继来馆参观指导；广大人民群众、港澳台同胞、海外侨胞以及外国友人纷纷来馆参观；日本前首相村山富市、日本众议院前议长土井多贺子等在馆内向遇难者敬献花圈，发表以史为训、增进日中友好的讲话。日本友人市川诚先生在该馆开馆的第一天送来“镇魂钟”，以钟声告慰亡灵，祈祷和平。但现在日本国内一小部分人仍妄图复活军国主义，值得世人警惕。